Kluczowym przejęciem było jednak wchłonięcie zakładów imienia Chruniczewa, które wcześniej produkowały ciężkie bombowce dla Miasiszczewa, pociski Buran, i posiadały jedną z najlepszych pozycji w dziedzinie metalurgii i szkieletów lotniczych w Związku Sowieckim. Decyzja o wchłonięciu tych ostatnich zapadła w na kwietniowym spotkaniu z Chruszczowem na Krymie. Tamże Czełomiej przedstawił koncepcję organicznego systemu kosmicznego – kompleksowi wojskowych stacji kosmicznych i fabryk, chronionych wieloma środkami obrony, budowanych i odwiedzanych przez rakiety kosmiczne. Zakłady Chruniczewa wybrano z uwagi na odwołaną produkcję bombowców Miasiszczewa i rakiet Buran, co groziło przestojem w fabrykach. Decyzja o tym została potwierdzona 3 października 1960 dekretem Komitetu Centralnego nr 1057-434 O przeniesieniu biura OKB-23 do filii nr 1 biura OKB-52 i postępach prac systemu antysatelitarnego IS.
Swoje plany odnośnie do UR-500 i kosmoplanów zdecydował się odłożyć, widząc, ile starań wymagałoby odebranie Korolowowi „działki” lotów kosmicznych. Jednak już rok później, w 1960, nadarzyła się okazja, by podjąć tę tematykę.