Koniec prosperity miasta przynieśli Mamelucy, którzy w 1291 roku zdobyli Akkę i zburzyli tutejszy port. Odkryto jednak szczątki drewnianego molo z XIV wieku, co wskazuje, że Akka utrzymywała drogą morską kontakty handlowe z innymi miastami.
W połowie XVIII wieku beduiński szejk pochodzący z Tyberiady, Dhaher al-Omar opanował i ufortyfikował Akkę, która stała się jego głównym miastem. Akka przeżyła wówczas znaczne ożywienie gospodarcze, związane głównie z eksportem do Francji bawełny. W 1775 roku jego następcą został turecki oficer Jezzar Pasza, który wykorzystując zyski z handlu, wybudował obecne mury miejskie i szereg budynków użyteczności publicznej. Podczas oblężenia miasta w 1799 roku przez wojska Napoleona Bonaparte, Jezzar Pasza zabezpieczył port zatapiając w wejściu do niego statek. Odkryty w 1966 roku wrak może być właśnie tym zatopionym statkiem (jego długość wynosi 34 metry). W sumie w rejonie portu Akka odkryto także szczątki ośmiu innych wraków – jeden rzymski, jeden z około XI–XIII wieku, trzy z okresu osmańskiego i jeden z początku XX wieku. Przeprowadzony w 1840 roku ostrzał miasta przez eskadrę brytyjskich, francuskich i austriackich okrętów wojennych, spowodował poważne zniszczenia portu, w wyniku których jego rola zmalała do niewielkiej przystani rybackiej.