Dwa dni później ponownie zaprzepaszczono okazję, gdy Polk zignorował kolejny rozkaz Bragga, by zaatakować inny izolowany korpus wojsk federalnych. W bitwie nad Chickamaugą Polk dowodził prawym skrzydłem z zadaniem rozpoczęcia ataku w drugim dniu bitwy (19 września). Nie poinformował swych podwładnych o planie, w związku z czym jego skrzydło uderzyło z opóźnieniem, co pozwoliło unionistom ukończyć budowę umocnień polowych. Bragg napisał po wojnie, że gdyby nie strata tych kilku godzin: „moglibyśmy wygrać naszą niepodległość”Woodworth, Six Armies, ss. 103, 106Hallock, ss. 54–62, 71–74..
Chickamauga była wielkim taktycznym zwycięstwem Bragga, lecz zamiast ścigać i zniszczyć uchodzącą Armię Unii, obległ Chattanoogę koncentrując się na zwalczaniu nieprzyjaciół wewnątrz własnej armii. Od Polka zażądał wyjaśnień odnośnie do opóźnienia ataku, a Polk zrzucił całą odpowiedzialność na jednego ze swych podwładnych, gen-maj. D.H. Hilla. Bragg pozbawił Polka dowództwa i odesłał go do Atlanty, gdzie miał czekać na dalsze rozkazy, a do prezydenta Davisa napisał: „Gen. Polk, ze swoim wykształceniem i zachowaniem, jest niezdatny do wykonywania planów i rozkazów innych.