Miał nadzieję, że secesja zakończy się pokojowym rozdziałem Północy i Południa, a nadto zapowiadał, że sam nigdy nie chwyci za broń. Nie omieszkał jednak napisać listu do swojego przyjaciela, prezydenta Jeffersona DavisaMcWhiney, s. 205., w którym zaoferował służbę w szeregach konfederackiej armii. 25 czerwca 1861 roku został powołany do wojska, otrzymał stopień generała-majora CS Army i dowództwo II Departamentu (obszaru między rzekami Missisipi i Tennessee)Eicher, s. 432–433..
Zaczął kampanię od jednej z największych pomyłek Południa w wojnie secesyjnej, wysyłając we wrześniu wojska celem zajęcia miejscowości Columbus; Kentucky − jeden ze stanów granicznych − zadeklarowało neutralność w rozpoczynającej się wojnie, ale wobec akcji Polka legislatura stanowa poczuła się zmuszona poprosić Unię o odparcie ataku i protekcję, co oznaczało podporządkowanie się Unii do końca wojnyWoodworth, Jefferson Davis, ss. 34–38.Noe, s. 8.Eicher, s. 432..