kolejce notował asysty kolejno w spotkaniach z Carpi (3:0) i Bolonią (3:2). 23 stycznia 2016 zdobył bramkę w meczu z A.C. Milan, który zakończył się remisem 1:1. 21 lutego 2016 strzelił bramkę w meczu z Sassuolo (2:3), natomiast 10 kwietnia 2016 trafił na 2:0 w spotkaniu z Fiorentiną. 15 maja 2016 zdobył bramkę w meczu 35. kolejki z Torino (2:1). W sezonie 2015/2016 wystąpił w 37 meczach swojej drużyny, zdobywając 5 goli i notując 3 asysty a jego drużyna zajęła 10. lokatę w rozgrywkach Serie A. Występy w Empoli zakończył z bilansem 66 spotkań, 5 bramek i 7 asyst. Po zakończeniu sezonu Zieliński przygotowywał się do zmiany klubu, prowadząc rozmowy, m.in. z Liverpoolem. mały|Piotr Zieliński (pierwszy z prawej) jako piłkarz SSC Napoli (2019)
SSC Napoli 2016/2017 4 sierpnia 2016 podpisał pięcioletni kontrakt z SSC Napoli. Kwota transferu wyniosła ok. 14 mln euro. W nowym zespole zadebiutował wraz z Arkadiuszem Milikiem, 21 sierpnia 2016 w zremisowanym 2:2, ligowym spotkaniu z Pescarą, zmieniając w 71. minucie Marka Hamšíka. 27 sierpnia wszedł na 18 minut w meczu z A.C. Milan (4:2), natomiast w następnej kolejce 10 września, debiutował w wyjściowej jedenastce Napoli i zanotował asystę przy bramce Jose Callejona z Palermo (3:0). 13 września 2016 podczas wygranego 2:1 meczu Napoli z Dynamem Kijów, zadebiutował w Lidze Mistrzów.