Rok później do drewnianych budynków klasztornych i kościoła klasztornego pw. Michała Archanioła sprowadził franciszkanów reformatów. W czasach zaborów majątek Lipskich został skonfiskowany przez władze pruskie, a kościół podupadał. Chwile świetności zespołowi poreformackich świątyń przywrócić próbował Kazimierz Lipski, prepozyt chockiej kolegiaty od 1870 roku, kanonik gnieźnieński i opat klasztoru w Lubiniu, kustosz wolborski i proboszcz wschowski, który prawo używania infuły otrzymał w 1871 r. Z jego inicjatywy przebudowano kościół z jednonawowego na trzynawowy, wybudowano także nową wieżę. Na ruinach zamku wybudowano Pałac Infułatów. potrzebne źródło W 1920 do Chocza wrócili franciszkanie. W latach międzywojnia dwukrotnie przełożonym klasztoru był Sługa Boży Euzebiusz Huchracki. W czasie II wojny światowej kościół uległ zniszczeniu. W klasztorze i plebanii produkowano kosze wiklinowe, a kościół służył jako magazyn. Na ziemiach przykościelnych uprawiano warzywa. Po 1945 roku do Chocza ponownie wrócili franciszkanie. Obecnie parafia należy do dekanatu Czermin w diecezji kaliskiej (od marca 1992 r.). Płynąca obok Prosna powodowała podmakanie fundamentów. Obecnie kościół jest zamknięty z powodu zagrożenia zawaleniem się części budowli.