Uzyskane w ten sposób wiadomości, jak również własne lektury, pozwoliły mu stać się jednym z najlepiej wykształconych duchownych swojej epoki.
Od 1610 roku brał aktywny udział w polemice prawosławno-unickiej wokół zawartej w 1596 roku unii kościelnej. W wymienionym roku wydał w Wilnie, pod pseudonimem Theofil Ortholog, traktat polemiczny Threnos, w którym w dramatyczny sposób opisywał sytuację Kościoła prawosławnego w Rzeczypospolitej i dowodził fałszywości dogmatów katolickich. Był to najcenniejszy tekst polemiczny napisany w toku sporów międzywyznaniowych przez prawosławnego autora. Król Zygmunt III Waza, po zapoznaniu się z tekstem, nakazał aresztowanie jego autorów i wydawców. Zmusiło to Smotryckiego do usunięcia się z życia publicznego. Najpóźniej w 1618 autor Threnosu złożył wieczyste śluby mnisze w monasterze Św. Ducha w Wilnie. W 1619 roku opublikował gramatykę języka cerkiewnosłowiańskiego, znacząco przyczyniając się do kodyfikacji norm tego języka.