Wyposażenie Obraz ołtarzowy namalował w 1849 J. G. Sandberg. Ambonę zaprojektował Fredrik Blom. Jej podstawę tworzą cztery delfiny, przypominające o morskim charakterze kościoła. Na prawo od prezbiterium umieszczono obraz „Chrystus idący na Golgotę” pędzla J. Fr. von Breda z 1816. Był to pierwotnie obraz ołtarzowy w kościele na wysepce i został uratowany z pożaru, podobnie jak XVII-wieczny srebrny dzban i mosiężny świecznik. Okręt wotywny w kształcie korwety został ofiarowany kościołowi w 1930 przez wdowę po komandorze C. Puke, który otrzymał go z kolei w prezencie od króla Oskara II. Malowidła wewnątrz kościoła wykonał Per Emanuel Limnel. Organy zostały zbudowane w 1876, a w 1930 poddane renowacji.
Ochrona konserwatorska Kościół na Skeppsholmen należy do najważniejszych zabytków architektury neoklasycystycznej na terenie Szwecji. Ma kształt starożytnej świątyni, jego architektura zawiera wszystkie ówczesne założenia neoklasycyzmu: kolumny, kopułowe sklepienie wewnątrz i kopułę zewnętrzną zwieńczoną latarnią. Kościół ma status pomnika narodowego (szw. statligt byggnadsminne), co oznacza, iż sposób jego konserwacji określają specjalne przepisy dotyczące ochrony;