Konwencja przewiduje także wstrzymanie importu i eksportu TZO, z wyjątkiem sytuacji, w których celem tych działań jest bezpieczne usunięcie tych substancji bądź jest to dozwolone na podstawie wyłączenia.
Krytyka Krytyka konwencji sztokholmskiej związana jest z ograniczaniem stosowania DDT, skutecznego środka przeciwko wektorom malarii. Stosowanie DDT w regionach zagrożonych malarią w formie opryskiwania budynków (ang. indoor residual spraying, IRS) pozwala na znaczne zmniejszenie liczby zachorowań na tę chorobę (w niektórych regionach nawet do zera), jednak zaprzestanie tych działań prowadzi do ponownego wzrostu liczby zachorowań.
Choć Konwencja Sztokholmska zezwala na użycie DDT w celu przeciwdziałania malarii wyłącznie zgodnie z zaleceniami Światowej Organizacji Zdrowia, to zgodnie z jej zapisami użycie tego środka jest stopniowo ograniczane pomimo tego, że nie przeprowadzono badań jednoznacznie potwierdzających szkodliwe działanie DDT na ludzi.