Peptydy tworzą potem kompleks z białkami MHC klasy II we wnętrzu lizosomu – taki sposób „radzenia sobie” z antygenem nosi nazwę egzogennego czy też endocytarnego szlaku przetwarzania antygenu, w przeciwieństwie do endogennego czy też cytozolowego, w którym nieprawidłowe białka produkowane w komórce gospodarza (na przykład pod wpływem infekcji wirusowej czy w komórce nowotworowej) tworzą kompleks z cząsteczkami MHC klasy I.
Wykazano również istnienie alternatywnego szlaku przetwarzania endocytarnego, podczas którego określone białka, takie jak fibrynogen czy mioglobina, wiążą się w całości do cząsteczek MHC klasy II po denaturacji i redukcji wiązań dwusiarczkowych (rozpadzie wiązania poprzez wstawienie atomów wodoru). Następnie proteazy degradują wyeksponowane rejony kompleksu białko – MHC klasy II.
Prezentacja antygenu Po utworzeniu przez przetworzony antygen (peptyd) kompleksu z MHC klasy II obydwa migrują do błony komórkowej, gdzie są eksponowane jako kompleks, który mogą rozpoznać komórki CD4+ (limfocyty T pomocnicze) – jeden z rodzajów leukocytów. Proces ten nosi nazwę prezentacji antygenu. Pewne epitopy (konformacyjne), które zostały rozpoznane przez limfocyty B przed przetworzeniem, mogą być prezentowane limfocytom T pomocniczym w innej formie.