Limfocyty B (zarówno komórki naiwne, jak i pamięci) rozpoznają białko w formie natywnej na powierzchni patogenu. Mamy wtedy do czynienia ze strukturą trzeciorzędową białka i może być ono pofałdowane do tego stopnia, że pewne fragmenty białka znajdują się w jego wnętrzu, a otaczające je segmenty – na powierzchni. Aminokwasy powierzchniowe mogą być od siebie oddalone na poziomie struktury pierwszorzędowej, a stykać się ze sobą na skutek złożonych wzorów fałdowania (jak na załączonym obrazku).
W wyniku wiązania konkretnego antygenu z odpowiadającą mu cząsteczką receptora BCR następuje zwiększenie produkcji cząsteczek MHC klasy II. Wskazuje to na istotną rolę tego procesu, jako że następuje to w przypadku internalizacji antygenu poprzez stosunkowo niespecyficzny proces zwany pinocytozą, w trakcie którego antygen, wraz z otaczającymi go płytami jest „wypijany” w postaci niewielkiego pęcherzyka przez limfocyt B. Taki antygen nosi nazwę niespecyficznego i nie prowadzi do aktywacji limfocytu B ani produkcji skierowanych przeciwko sobie przeciwciał.