W I połowie XVI wieku na obszar diecezji lubuskiej zaczęły przenikać idee reformacyjne, które w niedługim czasie zaczęły zyskiwać poparcie lokalnych margrabiów, kapłanów i rycerzy. Joannici brandenburscy przeszli na luteranizm w 1538 roku. Rok później na czele łagowskiej komandorii stanął popierający idee reformacyjne Andreas von Schlieben Starszy. Jego panowanie kończy katolicką epokę w funkcjonowaniu komandorii w Łagowie oraz lokalnej parafii.
Pierwszy łagowski kościół jest wspomniany w XVI-wiecznej księdze inwentarzowej, w której jest opisany jako świątynia przy zamku murowana i delikatnie wykonana. Z roku 1575 pochodzi informacja o pracach murarskich w przyzamkowej świątyni oraz upiększaniu jej, poprzez wykonanie dekoracji z gipsu. Obiekt istniał do 1725 roku, kiedy to z rozkazu margrabiego Christiana Ludwiga von Brandenburg-Schwedt został zastąpiony nowym budynkiem. Powodem tej decyzji było przegnicie dębowych belek podwalinowych, co może świadczyć o tym, że pierwotna świątynia była zrealizowana w technologii szachulcowej.
Obecny kościół
left|thumb|Zamek i kościół na litografii z drugiej połowy XIX wieku. Widoczna m.in. nieistniejąca obecnie drewniana wieża świątyni