W ciągu rzeki znajdują się także dwa naturalne jeziora – Ostrowite (35 ha) i Koziegłowskie (37 ha).
Kopalnia Węgla Brunatnego Konin pozostawiła po sobie wiele obiektów hydrologicznych, znacznie przekształcając pierwotną zlewnię Strugi Biskupiej. W wyrobisku odkrywki Pątnów powstał zbiornik o powierzchni ok. 350 ha, na odkrywce Kazimierz w miejscowości Kozarzewek, zbiornik ma 65 ha, a powstające w okolicach Kleczewa jezioro ma mieć 522 ha. Poza sztucznymi jeziorami, powstała także sieć kanałów, rowów i osadników, odprowadzających wody kopalniane do zlewni Strugi Biskupiej.
Jakość wód Wody rzeki zostały ocenione w roku 2010 na III klasę jakości na podstawie elementów biologicznych, podczas gdy wspierające je elementy fizyczno-chemiczne wskazują na klasę II. Głównymi emitorami zanieczyszczeń są wody z odwadnianych odkrywek węgla brunatnego, często zanieczyszczonymi smarami czy olejami przemysłowymi, oczyszczalnia ścieków w Kazimierzu Biskupim, osiedle wielorodzinne w Nieświastowie oraz Struga Kleczewska, do której odprowadzane są wstępnie oczyszczone wody z oczyszczalni w Kleczewie.