Po zakończeniu wojny Sarkisjan zacieśnił kontrolę nad Siłami Zbrojnymi Armenii, zapewniając sobie władę niemal autorytarną. Po zdecydowanym wsparciu Ter-Petrosjana w utrzymaniu władzy w 1996 roku, zmusił prezydenta do odejścia z urzędu w 1998 roku, popierając ustępstwa w negocjacjach dotyczących rozwiązania Republiki Górskiego Karabachu. Przyczynił się również do wyboru premiera Roberta Koczariana na prezydenta. Po pogorszeniu relacji z Koczarianem, Sarkisjan włączył wpływową organizację weteranów wojennych Jerkrapah do Partii Republikańskiej i połączył siły z byłym przywódcą komunistycznej Armenii, Karenem Demirczianem. W wyborach w maju 1999 roku ich reformatorski sojusz zapewnił sobie wygodną większość w Zgromadzeniu Narodowym. Sarkisjan został premierem, stając się rzeczywistym przywódcą Armenii, sprawując w niej faktyczną kontrolę nad wojskiem i legislaturą.