Eliminacje trwały od czerwca 2017 roku do marca 2019 roku.
W związku z wycofaniem Maroka z organizacji Pucharu Narodów Afryki 2015, reprezentacja tego kraju została zawieszona i nie mogła brać udziału w dwóch następnych edycjach Pucharu. 2 kwietnia 2015 roku zakaz ten został anulowany przez Sportowy Sąd Arbitrażowy.
Reprezentacja Czadu zrezygnowała z udziału w Pucharze Narodów Afryki 2017, dlatego też została zawieszona i nie mogła brać udziału w eliminacjach do Pucharu Narodów Afryki 2019.
5 października 2018 roku reprezentacja Sierra Leone została zawieszona w prawach członka FIFA. 3 grudnia 2018 roku została zdyskwalifikowana z eliminacji do Pucharu Narodów Afryki 2019. Mecze rozegrane przez Sierra Leone w grupie eliminacyjnej zostały anulowane lub odwołane.
W momencie straty praw do organizacji PNA 2019 przez Kamerun stracił on gwarantowany awans do finałów mistrzostw. Taką gwarancję zyskał natomiast Egipt, który został nowym gospodarzem.