Akcja eksterminacyjna w Rurach Jezuickich była prowadzona w okresie od 29 czerwca do 15 sierpnia 1940. Pierwsze egzekucje miały miejsce 29 czerwca i 3 lipca. Daty dwóch kolejnych masakr nie są znane, wiadomo jedynie, że miały one miejsce między 4 lipca a 15 sierpnia. Ostatnia egzekucja w Rurach Jezuickich odbyła się w dniu 15 sierpnia.
Przebieg egzekucji przeprowadzanych w Rurach Jezuickich udało się częściowo odtworzyć na podstawie zeznań świadków, wyników powojennej ekshumacji oraz grypsów przekazanych przez więźniów Zamku Lubelskiego. Ofiary zabierano z cel, po czym zawożono samochodami ciężarowymi do Rur Jezuickich. Drogę na miejsce straceń skazańcy musieli odbywać w pozycji leżącej. Egzekucje odbywały się zawsze nocą, w świetle reflektorów samochodowych. Ofiary prowadzono piątkami nad skraj wykopanych wcześniej grobów, a następnie rozstrzeliwano ogniem z broni automatycznej. W kilku grobach znaleziono później 2-3 warstwy zwłok ułożonych jedna na drugiej. Przed śmiercią niektórym ofiarom krępowano ręce lub zawiązywano opaski na oczach. Część z nich nosiła także ślady uderzeń tępym narzędziem w głowę. Prawdopodobnie zdarzały się przypadki, gdy dających oznaki życia skazańców zakopywano żywcem.