Pod kierunkiem ihumenii Flawiany przeprowadzona została przebudowa budynków dawnego klasztoru wizytek, odebranego im przez władze carskie w 1864, w tym przekształcenie kościoła Serca Jezusowego w cerkiew św. Marii Magdaleny. Oprócz wymienionej głównej świątyni monasterskiej powstała także druga cerkiew Opieki Matki Bożej. Dodatkowe budynki wzniesiono w kompleksie klasztornym, z przeznaczeniem na cele mniszek i prowadzony przez nie przytułek. Instytucja ta działała od 1868, a jej bezpośrednią kierowniczką także była ihumenia Flawiana. Uczyła także w szkole dla wychowanków języka rosyjskiego, Pisma Świętego, rękodzieła, nadzorowała także pracę innych nauczycieli. Ihumenia Flawiana założyła przy klasztorze także pracownię ikonopisania, którą jako miłośniczka malarstwa osobiście kierowała. Powstające w pracowni ikony były wystawiane dla kultu w cerkwiach w Wilnie i poza nim, jak również trafiały, na zamówienie, do prywatnych domów. Flawiana otworzyła następnie także pracownię szycia szat liturgicznych.