Po Czarnym Styczniu doszło do fali aresztowań członków i sympatyków Frontu.
Ludowy Front Azerbejdżanu w niepodległym Azerbejdżanie Po Czarnym Styczniu nowym pierwszym sekretarzem Komunistycznej Partii Azerbejdżanu został Ayaz Mütəllibov. Opowiadał się za reformowaniem systemu komunistycznego, ale przeciwko niepodległości Azerbejdżanu, gdyż utworzenie odrębnego państwa jego zdaniem musiałoby skończyć się jego wchłonięciem przez Turcję lub Iran. W wyborach parlamentarnych we wrześniu 1990, które zdaniem opozycji zostały sfałszowane, kierowana przez niego partia zdobyła niemal 90% mandatów. Mütəllibov nie zgodził się na rozmowy władz z Ludowym Frontem Azerbejdżanu, a w celu podniesienia swojej pozycji w oczach władz centralnych kraju zorganizował referendum, w którym ludność Azerskiej SRR miała wypowiedzieć się w sprawie pozostawania państwa w ZSRR. Głosowanie z marca 1991, przy wysokiej frekwencji (74,9%), zakończyło się oficjalnie wynikiem 93,3% za status quo.