Zrezygnował on również z pełnienia funkcji konrektora w weimarskim gimnazjum i w czerwcu 1729 roku jako rektor wrócił na krótki czas do swojej byłej szkoły w Ansbach.
Jako rektor Thomasschule w Lipsku Po śmierci rektora lipskiej Thomasschule Johanna Heinricha Ernestia w październiku 1729 roku, Gesner został powołany na to stanowisko jako jego następca. Ernesti posiadał od 1680 roku katedrę na uniwersytecie w Lipsku, a w 1684 roku otrzymał funkcję rektora w Thomasschule. Większą wagę przywiązywał do nauczania akademickiego niż do nauczania szkolnego.
Gdy Gesner przyjął urząd rektora w lipcu 1730 roku zastał szkołę w nie najlepszej kondycji. Zreformował porządek szkolny, troszczył się o regularne zajęcia lekcyjne i odnowił plan nauczania. Kompozytor Jan Sebastian Bach, któremu w ramach urzędu kantora miasta Lipsk podlegała także nauka muzyki w Thomasschule miał z poprzednikiem Gesnera wiele trudnych przepraw, na wiadomość, że nowym rektorem będzie Gesner, miał wykrzyknąć „Teraz będzie wszystko dobrze!”. Później poświęcił mu kanon na 2 głosy (BWV 1075). Gesner, który podziwiał Bacha i jego muzykę, zabiegał z sukcesem o lepsze jego wynagrodzenie i zbudował mu trwały pomnik w jednym ze swoich komentarzy do Quintilians Institutio oratoria.