Jesienią 1949 roku Sikorski został przeniesiony do więzienia w Rawiczu. Tam zachorował na gruźlicę. Następnie był osadzony we Wronkach, a w 1953 roku na krótko w więzieniu w Sztumie. W 1955 roku nie zgodził się na donoszenie do władz więzienia w zamian za wstawiennictwo przy złagodzeniu wyroku. Najdłużej, sześć lat, spędził w więzieniu w Rawiczu, częściowo na oddziale dla gruźlików. Wyszedł na wolność 8 lutego 1956.
Po wyjściu z więzienia był obserwowany przez UB. W marcu 1956 zatrudnił się w Hucie Warszawa jako pracownik fizyczny. Wkrótce został przeniesiony na stanowisko pracownika umysłowego. Kształcił się w kierunku metalurgii, oprowadzał też wycieczki po Hucie. Obserwacja UB zakończyła się pod koniec 1956 roku. Po siedmiu latach pracy w Hucie Sikorski przeniósł się do biura projektowego, gdzie przepracował kolejne 20 lat, do emerytury. W czasie pracy w biurze projektowym spędził rok w Wietnamie.
Wacław Sikorski był członkiem Związku Więźniów Politycznych Skazanych Na Karę Śmierci w Okresie Reżimu Komunistycznego. W 2010 roku powstał o nim film dokumentalny pt. Przesłuchanie ze scenariuszem i w reżyserii Adama Palenty. Był również jednym z bohaterów filmu pt. Ci, co przeżyli w reżyserii Marii Dłużewskiej i Andrzeja Czerskiego.