W latach 90. XX w. kolonia lęgowa mewy śmieszki na terenie rezerwatu liczyła około 10 tys. gniazd. Inne ptaki występujące w rezerwacie to: wąsatka, zimorodek, remiz, perkoz dwuczuby, duże stada łysek oraz kormoranów. Spotkać można także czaplę białą, gęś gęgawę i różne gatunki siewek, zwłaszcza na mieliznach powstających w wyniku zimowego spuszczania wody ze stawów. Stawy Siedleckie to obręb hodowlany, który można zwiedzać po powiadomieniu gospodarza. W latach 2012–2013 w rezerwacie stwierdzono występowanie 35 gatunków ssaków należących do 7 rzędów i 12 rodzin. Stanowiło to 57,4% taksonów podawanych dla Mazowsza. Odnotowano wówczas 9 gatunków ssaków drapieżnych, dziewięć taksonów gryzoni i osiem nietoperzy.
Spośród ssaków parzystokopytnych obserwowano na terenie rezerwatu trzy gatunki: dzika, sarnę i łosia, a także osiem gatunków nietoperzy. Były to: borowiec wielki (najczęstszy), karlik większy, mroczek późny, karlik malutki, karlik drobny, mroczak posrebrzany, nocek rudy i nocek Natterera (cztery ostatnie rzadko). Odnotowano 17 osobników należących do 3 gatunków ryjówkokształtnych. Były to: ryjówka aksamitna, ryjówka malutka i rzęsorek rzeczek. Na groblach bytował kret europejski.