Świątynia ewangelicko-augsburska (od 1795) W wyniku II rozbioru Polski w 1793 roku Piotrków znalazł się w granicach zaboru pruskiego. Władze pruskie tuż po przejęciu miasta zajęły budynki pijarskie, przemieniając zabudowania szkolne i klasztorne na koszary i więzienie. W 1797 roku prymas Krasicki po uprzedniej zgodzie papieża przekazał kościół ewangelikom. W tym samym roku doszło najprawdopodobniej do zdjęcia święceń z kościoła oraz wyniesienia z podziemi szczątków pochowanych zakonników pijarskich. Jednocześnie ewangelicy przystąpili do odpowiedniego przystosowania świątyni na potrzeby luterańskiego kultu. Do 1824 roku w Piotrkowie nie było najprawdopodobniej stałego pastora. Posługę religijną sprawowali w tym czasie dojeżdżający do Piotrkowa pastor Gerbling z Iłowa, pastor Rüdiger z Łasku i pastor Tuve z Brużyc.
W czasie wojen napoleońskich kościół został chwilowo zajęty na potrzeby wojska. Początkowo mieścił się w nim magazyn wojskowy, a w 1813 roku szpital dla żołnierzy rosyjskich.