W sierpniu 1939 objął dowodzenie nowo utworzoną w ramach mobilizacji jednostką – 21 dywizjonem pancernym.
1 września 1939 dowodził dywizjonem w czasie bitwy pod Mokrą. Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Polski Stanisław Gliński przekroczył wraz ze swoją jednostką 21 września granicę polsko-węgierską, gdzie został internowany. Po przedostaniu się do Francji walczył w 1940 w rejonie Vertuze – Avize, Champaubert i Montgivroux. Brał udział w kampanii francuskiej jako dowódca 1 batalionu czołgów 1 pułku czołgów 10 Brygady Kawalerii PancernejJuliusz Tym, Dowódcy pułków pancernych i kawalerii pancernej 2 Korpusu. Zarys portretu zbiorowego., „Studia z Dziejów Wojskowości” (t. VI), Warszawa 2017, s. 327.. Po klęsce Francji przedostał się do Anglii. Został komendantem Ośrodka Zapasowego Broni Pancernej przemianowanego w grudniu 1941 na Centrum Wyszkolenia Broni Pancernej i Motorowej.
W 1942 został skierowany na Bliski Wschód. W dniu 2 czerwca 1942 został dowódcą 1 batalionu czołgów w Palestynie, a następnie 4 pułku pancernego „Skorpion”, który walczył m.in. pod Monte Cassino. W walkach o Ankonę został ciężko ranny.