Z kolei generał Walther von Brauchitsch, szef Naczelnego Dowództwa Wojsk Lądowych (Oberkommando des Heeres – OKH), był zmuszony wydać rozkaz „w sprawie dyscypliny”, w którym stwierdzono m.in., iż „udział członków armii w egzekucjach przeprowadzanych przez policję jest zabroniony” (24 września). Na udział Wehrmachtu w masakrze przemyskiej wskazują także zeznania podporucznika WP, Mariana Słomy. Przebywając w niemieckiej niewoli rozmawiał on z sierżantem niemieckiej żandarmerii polowej, Hansem Stange, który miał się przyznać, że we wrześniu 1939 własnoręcznie zamordował w Przemyślu 50 miejscowych Żydów.
Liczba ofiar masakry przemyskiej jest znana jedynie w przybliżeniu. Większość źródeł szacuje ją na ok. 500–600 osób. Wspomniany Hans Stange szacował, że zamordowano ok. 700 Żydów. Z kolei w 1945 roku burmistrz Przemyśla, Michał Wiślicki, oceniał, że w jednym tylko masowym grobie na przedmieściach miasta pogrzebano szczątki 900 ofiar pogromu. Większość ofiar pozostaje anonimowa. Rejestr prowadzony przez miejscową gminę żydowską zawiera nazwiska zaledwie 103 zamordowanych. Znaleźli się wśród nich m.in. rabini Hersz Glezer i Seide Safrin.