Do 1950 r. uczelnia posiadała wiele kampusów, w których znajdowały się różne wydziały: w Dżakarcie (medycyna, prawo i Listy), w Bogor (rolnictwo i weterynaria), w Bandung (inżynieria, matematyka i nauki przyrodnicze), w Surabaya (medycyna i dentystyka) w Makassar (ekonomia). W 1954 r. kampus Surabaya przekształcił się w Uniwersytet Airlangga, a rok później kampus Makassar w Uniwersytet Hasanuddin. Z kolei w 1959 r. Bandung przemianowano na Instytut Technologiczny, a w 1964 r. kampus w Bogor na Instytut Rolnictwa. Do 1965 r. Uniwersytet Indonezyjski składał się już tylko z trzech miasteczek uniwersyteckich (Salemba, Rawamangun i Pegangsaan), które ulokowane były w Dżakarcie.
W 1987 r. część wydziałów z Salemby oraz Rawamangun przeniesiono do nowo zbudowanego kampusu zwanego Depok na południowych przedmieściach miasta.
W latach 2007–2008 uczelnia przeszła gruntowne reformy, dzięki czemu jej dochód powiększył z 800 miliardów do 1,6 tryliona rupii. Pomysłodawcą zmian był jej ówczesny rektor prof. dr Gumilar Rusliwa Somantri, który był zarazem najmłodszym uniwersyteckim rektorem w Indonezji.