Kolonizacja (1565–1946) mały|Manila w 1847 roku W 1521 portugalski odkrywca Ferdynand Magellan przybył na Filipiny i przyłączył je do Królestwa Hiszpanii. Kolonizacja wysp rozpoczęła się od momentu pojawienia się na nich Miguela Lópeza de Legazpi, który przybył na nie z Meksyku w 1565. Założył wówczas pierwszą europejską osadę Cebu. W 1571 została założona Manila jako stolica Hiszpańskich Indii Wschodnich.
Od 1565 do 1821 r. Filipiny były rządzone w ramach znajdującej się w Meksyku Wicekrólestwa Nowej Hiszpanii, zarządzanej później z Madrytu po meksykańskiej wojnie o niepodległość. Podczas swoich rządów Hiszpania stłumiła różne bunty, a także broniła się przed zewnętrznymi wyzwaniami militarnymi.
Siły brytyjskie okupowały Manilę w latach 1762-1764 podczas wojny siedmioletniej. Hiszpańskie rządy zostały przywrócone na mocy traktatu paryskiego z 1763 r. Hiszpanie uważali swoją wojnę z muzułmanami w Azji Południowo-Wschodniej za przedłużenie rekonkwisty. Konflikt z Moro trwał kilkaset lat. W ostatniej ćwierci XIX wieku Hiszpania podbiła części Mindanao i Jolo, a muzułmanie Moro w Sułtanacie Sulu formalnie uznali suwerenność Hiszpanii.
Andrés Bonifacio w 1892 roku założył wojownicze tajne stowarzyszenie o nazwie Katipunan, które szukało niezależności od Hiszpanii poprzez zbrojną rewoltę.