Siły amerykańskie nadal zabezpieczały i rozszerzały swoją kontrolę nad wyspami, zabezpieczając Sułtanat Sulu, i ustanawiając kontrolę nad wewnętrznymi obszarami górskimi, które opierały się hiszpańskiemu podbojowi.
Rozwój kulturowy wzmocnił ciągły rozwój tożsamości narodowej, a język tagalski zaczął dominować nad innymi lokalnymi językami.
Podczas II wojny światowej Cesarstwo Wielkiej Japonii zaatakowało, a Druga Republika Filipin, pod wodzą Jose P. Laurela, została ustanowiona jako państwo marionetkowe. Od 1942 japońskiej okupacji Filipin przeciwstawiała się podziemna działalność partyzancka na dużą skalę. Okrucieństwa i zbrodnie wojenne zostały popełnione podczas wojny, w tym Bataański Marsz Śmierci i masakra w Manili. Wojska alianckie pokonały Japończyków w 1945 roku. Szacuje się, że pod koniec wojny zginęło ponad milion Filipińczyków. 11 października 1945 roku Filipiny stały się jednym z członków założycieli Organizacji Narodów Zjednoczonych. 4 lipca 1946 roku Filipiny zostały oficjalnie uznane przez Stany Zjednoczone za niepodległe państwo na mocy traktatu z Manili, za prezydentury Manuela Roxasa.