Po najeździe tatarskim Jakub Buczacki przeniósł zrujnowane miasto na obecne miejsce.
Początkowo (od 1593) parafia w Podhajcach należała do dekanatu dunajowskiego, przed 1615 została przeniesiona do dekanatu trembowelskiego, a w wyniku reformy administracyjnej archidiecezji lwowskiej z 1765 znalazła się w nowo utworzonym dekanacie kąkolnickim. Pod koniec XIX w. parafia podhajecka obejmowała: Bekersdorf (Bekierów), Białokrynicę, Bożyków, Gniłowody, Holendry, Justynówkę, Mądzelówkę, Michałówkę, Mużyłów, Nowosiółkę, Siółko, Staremiasto, Uhrynów, Wierzbów i Zahajce. Wreszcie w 1905 metropolita J. Bilczewski utworzył nowy dekanat Podhajckihttp://czasopisma.upjp2.edu.pl/foliahistoricacracoviensia/article/viewFile/1294/1195 Vol. 3 Folia Historica Cracoviensia 1996, Ks. Bolesław Kumor, Archidiecezja Lwowska Obrządku Łacińskiego w świetle Schematyzmu Archidiecezjalnego z 1939 r., s. 275.