Z karczmy w Żukowicach Nowych został przewieziony do aresztu dla księży, który mieścił się w dawnym klasztorze oo. Bernardynów w Tarnowie. Skazany przez władze austriackie na 20 lat ciężkiego więzienia w Szpilbergu, na skutek wydarzeń Wiosny Ludów w Cesarstwie Austriackim i amnestii dla więźniów politycznych ogłoszonej przez Franza Stadiona wyszedł na wolność po odsiedzeniu 25 miesięcy. Do Lisiej Góry powrócił 3 kwietnia 1848.
Proboszcz w Żabnie i Odporyszowie thumb|Kościół parafialny pw. Ducha Świętego w Żabnie mały|Sanktuarium Matki Bożej w Odporyszowie mały|Łaskami słynący obraz Matki Bożej w Odporyszowie Na kategoryczne żądanie władz austriackich został skierowany na placówkę w Żabnie i Odporyszowieks.Stanisław Morgenstern. Obejmując 31 marca 1849 probostwo połączonych parafii, zastał sanktuarium mocno zapuszczonym. Przeprowadził jego kompleksowy remont i rozbudowę, zlecił podwyższenie wieży, odnowił polichromię kościoła, uporządkował cmentarz z kaplicą, zakupił sprzęty liturgiczne. W zapiskach zanotował: