Wyposażenie mały|lewo|Gotycka płaskorzeźba „Drzewo Jessego” z około 1350 r.|184x184px Najcenniejszym zabytkiem choszczeńskiej fary jest, znajdujące się na bocznej ścianie prezbiterium, – „Drzewo Jessego” - ceramiczna płaskorzeźba przedstawiająca rodowód Chrystusa. Płaskorzeźba powstała około 1350 roku. W środku kompozycji umieszczony został wizerunek ukrzyżowanego Chrystusa, któremu towarzyszy Maryja i św. Jan. Po bokach przedstawiono 21 wizerunków przodków Chrystusa. Choszczeńskie „Drzewo Jessego” to rzadkość na skalę europejską. Według Janiny Kochanowskiej choszczeńskie Drzewo Jessego powstało w XIV w. dla nieistniejącego już klasztoru franciszkanów. W XVII w., w wyniku dwóch pożarów, klasztor ten uległ zniszczeniu i wówczas to płaskorzeźba została przeniesiona na zewnętrzną ścianę choszczeńskiej fary. Do wnętrza, na swoje obecne miejsce, trafiła w połowie XIX w. podczas remontu świątyni. Płaskorzeźba może też pochodzić z klasztoru cystersów w Bierzwniku.
Na uwagę wewnątrz świątyni zasługują dwa epitafia znajdujące się w ścianie przy wyjściu z zakrystii w nawie głównej. Są to: epitafium nagrobne burmistrza Mikołaja Rebentischa z XV stulecia, oraz epitafium nagrobne kolatorki Scholastyki Elżbiety von Schack z 1787 roku, która ufundowała dach budowli.