11 maja 1775 roku został powołany na stanowisko profesora zwyczajnego medycyny, chemii i farmacji na uniwersytecie w Greifswaldzie. W 1776 roku doktoryzował się z filozofii i otrzymał tytuł magistra siedmiu sztuk wyzwolonych. W latach 1778 – 1804 był wielokrotnie dziekanem na wydziale medycyny, a także w 1787 i 1802 roku był rektorem tejże uczelni.
W 1780 roku został asesorem Königlich Gesundheits-Kollegium (Królewskiego Kolegium Zdrowia) w Greifswaldzie, a w 1794 roku jego dyrektorem. W 1795 roku został mianowany na królewsko-szwedzkiego archiatrę. W 1798 roku został członkiem Königlich-Schwedisch Medizin-Kollegium (Królewsko Szwedzkiego Kolegium Medycznego) w Sztokholmie. W 1805 częściowo, a ostatecznie w 1806 roku zrezygnował z działalności na uniwersytecie i w kolegium medycznym.
18 lipca 1806 roku został podniesiony przez cesarz Franciszka II Habsburga do rangi szlachcica i od tej pory nazywał się „von Weigel”.
Weigel rozwinął między innymi chłodnicę przeciwprądową (1771 rok), którą później dalej rozwinął Justus Liebig i znana jest pod nazwą chłodnicy Liebiga. Jego imieniem został nazwany gatunek krzewuszka (Weigela Thunb.).