Za czasów króla Edwarda VI katedra pełniła funkcję kościoła parafialnego i rozpoczęto jej odbudowę. W katedrze znaleźli schronienie hugenoci, którzy uciekli z Francji przed prześladowaniami. Mogli oni tu odprawiać nabożeństwa w ojczystym języku. Przez 32 lata dziekanem katedry był znany pisarz epoki Oświecenia, Jonathan Swift. Walczył on o prawa Irlandczyków, a po śmierci w 1745 r. został pochowany w katedrze obok swej przyjaciółki Esther Johnson. Pomimo remontu budynek katedry popadał w ruinę. W latach 1687–1795 katedrę wielokrotnie uszkadzały powodzie. W 1792 r. odwołano sprawowanie w nim mszy ze względu na bezpieczeństwo wiernych.
W XIX w. podjęto prace renowacyjne dzięki zabiegom i wsparciu finansowemu rodu Guinness, znanego z produkcji piwa o tej nazwie. Posadzkę nawy podniesiono do poziomu posadzki w prezbiterium. Największą prawdopodobnie zmianą było jednak usunięcie lektoriów oddzielających nawę od prezbiterium i ramion transeptu. W roku 1865 otwarto częściowo odnowioną katedrę, ale prace renowacyjne trwały nadal. Guinnessowie wydali ogółem ok. 150 000 funtów na renowację katedry. Do 1871 roku świątynia pełniła funkcję katedry wspólnie z katedrą Kościoła Chrystusowego.