1 marca 1945 został zatrudniony na Uniwersytecie Jagiellońskim jako tłumacz i lektor języka rosyjskiego, z czasem zlecono mu wykłady z literatury rosyjskiej. Równolegle nauczał języka rosyjskiego na Wydziałach Politechnicznych AGH, w Wyższej Szkole Nauk Społecznych, Akademii Handlowej, literaturę rosyjską wykładał w Państwowej Wyższej Szkole Pedagogicznej.

W 1947 Rada Wydziału Humanistycznego UJ nostryfikowała jego piotrogrodzki dyplom kandydata nauk jako doktorski, dzięki czemu w 1948 otrzymał stanowisko zastępcy profesora, po czym objął nowo powstającą, a właściwie reaktywowaną Katedrę Historii Literatury Rosyjskiej UJ. Działająca w ramach Studium Słowiańskiego katedra ta – razem z Katedrą Języków Ruskich, kierowaną przez prof. Jana Janowa – jako druga w powojennej Polsce (po wrocławskiej) kształciła filologów o specjalności rusycystycznej. W 1953 z połączenia obu katedr utworzono zespołową Katedrę Filologii Rosyjskiej, którą powierzono Wiktorowi Jakubowskiemu. W 1954 został profesorem nadzwyczajnym, w 1962 – profesorem zwyczajnym. Prócz kierowania katedrą piastował funkcję prorektora UJ (1958–1962), dziekana Wydziału Filologicznego UJ (1964–1966), kierownika Studium Zaocznego Filologii Rosyjskiej UJ (1965).