Na koniec sezonu 2001/2002, mimo pewnego miejsca w wyjściowym składzie, spadł z Leónem do drugiej ligi meksykańskiej.
Podczas wiosennego sezonu Verano 2003 Márquez wygrał z Leónem drugą ligę, co wobec porażki w decydującym dwumeczu z Irapuato nie zaowocowało jednak powrotem do najwyższej klasy rozgrywkowej. Bezpośrednio po tym osiągnięciu został wypożyczony na okres sześciu miesięcy do innego drugoligowca, Dorados de Sinaloa z miasta Culiacán, w którego barwach, mimo roli rezerwowego, podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2003 powtórzył osiągnięcie sprzed sześciu miesięcy i triumfował w rozgrywkach Primera División A. Po powrocie do Leónu, w sezonie Clausura 2004, trzeci raz z rzędu zwyciężył w rozgrywkach drugoligowych, lecz jego klub ponownie nie zdołał awansować do pierwszej ligi, tym razem po barażowej porażce z byłą drużyną Márqueza i zwycięzcą Apertury, Dorados. Rok później, podczas rozgrywek Clausura 2005, jako podstawowy gracz Leónu dotarł do dwumeczu finałowego Primera División A, w którym jego ekipa okazała się jednak gorsza od Querétaro.