W latach 1747–1757 na potrzeby wspólnoty wzniesiono znacznie obszerniejszy barokowy kompleks kościelno-klasztorny, jego projektantem był Aleksander Osikiewicz. Klasztor w Borunach był jednym z najważniejszych ośrodków unickich w regionieI. Sliunkowa, Monastyri wostocznoj i zapadnoj tradicij. Nasledije architiektury Biełarusi, Progress-Tradicija, Moskwa 2002, , s.447-449.
W XIX w. bazylianie utworzyli przy klasztorze świecką szkołę, którą prowadzili do 1839. Wśród jej uczniów byli Antoni Odyniec, Leonard i Ignacy Chodźko.
Bazyliański klasztor przetrwał do likwidacji unii brzeskiej na ziemiach zabranych po synodzie połockim w 1839. Przed usunięciem z Borun bazylianie wywieźli ze swojej siedziby oryginał wizerunku Matki Boskiej Boruńskiej. Na miejsce dotychczasowych gospodarzy obiektu sprowadzono mnichów prawosławnych. Monaster tego wyznania funkcjonował w Borunach do 1899 (według innego źródła - do 1874). Następnie dawna świątynia bazyliańska była cerkwią parafialną, filią parafii w Olszanach. W 1919 została zrewindykowana na rzecz Kościoła rzymskokatolickiego. Od tego momentu obiekt stale funkcjonuje jako kościół.