W uznaniu osiągnięć naukowych dekretem Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 7 maja 1921 roku został mianowany profesorem nadzwyczajnym Katedry Botaniki Lasowej na Wydziale Rolniczo-Lasowym Politechniki Lwowskiej. W latach 1924/1925 pełnił obowiązki dziekana Wydziału Lasowego Politechniki Lwowskiej. 9 lipca 1929 został mianowany profesorem zwyczajnym. W katedrze Botaniki Lasowej pracował do rozpoczęcia II wojny światowej oraz w okresie okupacji radzieckiej tj. do czerwca 1941. W 1942 władze niemieckie uruchomiły tzw. „Fachowe Kursy Leśne”, gdzie wykładali dotychczasowi profesorowie Politechniki Lwowskiej. Szymon Wierdak został dziekanem Wydziału Lasów w Staatliche Technische Institut. W 1944 kiedy Politechnika Lwowska wznowiła działalność, ponownie przejął wykłady w Katedrze Botaniki Lasowej i prowadził je do czerwca 1946, kiedy to na zawsze opuścił Lwów i jako repatriant wrócił do Krakowa. Tam włączył się w tworzenie Wydziału Rolno-Leśnego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wkrótce mianowany został profesorem zwyczajnym w Katedrze Botaniki Leśnej, gdzie pracował do śmierci. Zmarł w Krakowie 18 września 1949. Pochowany został na cmentarzu Rakowickim. thumb|Julian Wierdak (syn Szymona)