Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Silva rozpoczął pracę w roli szkoleniowca. W latach 2006–2007 był asystentem Eduardo Rergisa w drugoligowej drużynie Correcaminos UAT z siedzibą w mieście Ciudad Victoria. Później wszedł w skład sztabu szkoleniowego trenera René Isidoro Garcíi, najpierw współpracując z nim w reprezentacji Meksyku U-23, z którą zdobył brązowy medal na Igrzyskach Panamerykańskich w Rio de Janeiro, a potem w klubie Jaguares de Chiapas z Tuxtla Gutiérrez. Jesienią 2008 był asystentem Mario Alberto Garcíi w drugoligowej drużynie Club León, po czym znalazł zatrudnienie w swoim byłym zespole, Club Santos Laguna, gdzie w latach 2009–2010 trenował kategorię wiekową do lat 20. W latach 2012–2013 był szkoleniowcem czwartoligowego klubu Lobos de San Luis, natomiast w lutym 2013 po raz kolejny podjął rolę asystenta, tym razem urugwajskiego trenera Carlosa Maríi Moralesa w swoim byłym zespole San Luis FC, występującym już w pierwszej lidze.
W marcu 2013, po odejściu Moralesa z drużyny, Silva został mianowany przez zarząd San Luis pierwszym trenerem zespołu.