Niżej rozstawiona drużyna rozgrywała w swojej hali mecz trzeci, czwarty i ewentualnie szósty.
W etapach fazy play-off rywalizacja toczyła się klasycznie w konferencjach, jednak w półfinale całych rozgrywek zostały ze sobą zestawione naprzemiennie zespoły z przeciwnych konferencji.
W razie braku rozstrzygnięcia po regulaminowych 60 minutach meczu, zarządzana była dziesięciominutowa dogrywka. Brak rozstrzygnięcia w dogrywce skutkował zarządzeniem rzutów karnych.
W finale Omskie Jastrieby pokonały MHK Spartak Moskwa w meczach 4:3, zdobywając Puchar Charłamowahttps://mhl.khl.ru/standings/469904/playoff/230/. O mistrzostwie MHL w sezonie 2012/2013 zadecydował siódmy mecz finałów 30 kwietnia 2013 między Omskie Jastrieby a MHK Spartak Moskwa. Przesądzającego gola zdobył w dogrywce (czas 63:11) zawodnik z Omska, Kiriłł Rasskazowhttps://mhl.khl.ru/game/230/37776/summary/. Rywalizacji o trzecie miejsce nie rozgrywano.