Był założycielem szkoły historyczno-gramatycznej, która w świętych jak i w klasycznych pismach dopuszczała sens, który musiał zgadzać się w gramatyce, logice i historii. Jego teologiczne prace muszą zostać przyporządkowane do neologie.

Konsekwentnie krytykował pogląd tych, którzy uzmysłowienie Pisma Świętego sprowadzali do natchnienia Ducha Świętego, jak również tych, którzy lekceważyli całą wiedzę językową i każde słowo chcieli wyjaśnić przez rzecz. Zasady interpretacji „ analogie wiary“ zostały przez niego rygorystycznie ograniczone i uczył, że nigdy nie dostarczają one wyjaśnienia lecz zaledwie wybór spośród możliwych znaczeń. Znaczenie Ernestiego leży w jego nacisku na humanistyczną edukację, dlatego on razem z Johannem Matthiasem Gesnerem uchodzą za reformatorów klasycznego nauczanie w Niemczech.