Pierwsza organizacja państwowa na terenie dzisiejszej Malezji powstała na początku XV w., kiedy powstał sułtanat Malakki. W tym czasie na obszarze Azji południowo-wschodniej rozprzestrzenił się islam. W 1511 Malakkę podbili Portugalczycy, zakładając tam kolonię. Synowie ostatniego sułtana Malakki założyli Sułtanat Perak i Sułtanat Johor. Rozpoczęła się rywalizacja między Portugalczykami oraz Sułtanatem Aceh i Sułtanem Johor o kontrolę nad cieśniną Malakka. Konflikt ten trwał do 1641 r., kiedy Holandia wraz z sułtanem Johor przejęła kontrolę nad cieśniną.
W 1786 r. Kompania Wschodnioindyjska otrzymała od sułtana Kedah wyspę Penang. W drugiej połowie XIX w., wiele państewek malezyjskich prosiło o pomoc Wielką Brytanię w celu rozwiązania konfliktów wewnętrznych. Do początku XX w. stany Pahang, Selangor, Perak i Negeri Sembilan utworzyły Sfederalizowane Stany Malezji. Chociaż formalnie były suwerenne, to faktyczną władzę sprawowali brytyjscy rezydenci, mianowani jako doradcy miejscowych władców. Pozostałe stany: Johor, Kedah, Kelantan, Perlis i Terengganu utworzyły Niesfederalizowane Stany Malezji. Mimo iż przyjęły one brytyjskich rezydentów, to nie podlegały bezpośrednio Londynowi. Stany Sabah i Sarawak były natomiast częścią Brytyjskiego Borneo Północnego.