Ponieważ kule zniszczyły wieżę nad korpusem nawowym, natomiast pocisk artyleryjski uszkodził elewację ogrodową klasztoru, franciszkanie byli zmuszeni do przeprowadzenia szybkich prac remontowych. W 1968 roku, w czasie pożaru zakrystii, spaliły się dwie cele i przedwojenna posadzka w prezbiterium. Ta ostatnia została zastąpiona w 1980 roku dzisiejszą, marmurową posadzką. Z kolei w 2005 roku został odrestaurowany jeden z ołtarzy w świątyni, a w 2006 roku rozpoczęła się restauracja ołtarza z obrazem Matki Bożej Nieustającej Pomocy. W dniu 14 września 2014 roku biskup włocławski Wiesław Mering nadał świątyni tytuł Sanktuarium Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
Architektura Kościół reprezentuje architekturę gotycką z późniejszymi przebudowami. Został wybudowany z cegły, na wysokim fundamencie z kamienia polnego. Posiada piwnice. Wybudowany na planie prostokąta z wyraźnie ukształtowanym prezbiterium, zamkniętym przez ścianę prostą, z dobudowanym od strony północnej klasztorem, na terenie którego mieści się zakrystia. Korpus świątyni to dwie nawy. Składa się z nawy głównej o czterech przęsłach i bocznej od strony południowej, wydzielonej podczas przebudowy w 1930 roku.