Wirtualne biblioteki związków W procesie screeningu wirtualnego analizie poddawane są cząsteczki zdeponowane w wirtualnych bibliotekach związków. Mogą mieć one formę baz danych lub plików struktur chemicznych (np. SMILES). Biblioteki wirtualne dostarczane są często przez jednostki zajmujące się obrotem związkami chemicznymi (firmy, instytuty naukowe) i odzwierciedlają ich ofertę. W ten sposób wyłonione na etapie screeningu wirtualnego substancje można nabyć w instytucji dostarczającej daną bibliotekę wirtualną. Biblioteki wirtualne mogą liczyć od kilkuset związków do kilku milionów. Przykładowo kolekcja związków firmy Enamine na dzień 2013-03-29 liczy ponad 1,7 mln struktur.
Istnieją również bazy danych - wirtualne biblioteki gromadzące struktury związków chemicznych z różnych źródeł (zarówno od komercyjnych dostawców jak i z literatury naukowej i patentów), np. ZINC, PubChem. Baza ZINC na dzień 2013-01-11 zawierała 19607982 struktur, z kolei baza PubChem – 47322806 struktur.
Biblioteki mogą zawierać struktury związków zarówno syntetycznych, jak i naturalnych. Istnieją również biblioteki sprofilowane, zawierające struktury wstępnie zawężone (np.