Ponadto Lech Wałęsa zażądał dymisji Adama Michnika ze stanowiska redaktora naczelnego, który pierwotnie ustąpił, lecz jego rezygnacja nie została przyjęta przez członków redakcji.

Zarówno jako poseł, jak i redaktor „Gazety Wyborczej”, aktywnie wspierał rząd Tadeusza Mazowieckiego, jak też jego kandydaturę przeciw Lechowi Wałęsie w wyborach prezydenckich w 1990. Przejawem negatywnego stosunku do Lecha Wałęsy był jego artykuł w „GW” z 27 października 1990 pt. Dlaczego nie oddam głosu na Lecha Wałęsę. Przed drugą turą opowiedział się jednak po stronie lidera NSZZ „S” przeciwko kandydaturze Stanisława Tymińskiego, którego nazwał „indiańskim Mesjaszem” i „hochsztaplerem”. Opowiadał się też zdecydowanie za kształtem reform gospodarczych przeprowadzanych przez Leszka Balcerowicza, za co był krytykowany z pozycji lewicowych m.in. przez Andrzeja Walickiego i Adama Chmielewskiego.