W 1981 nakręcił komedię Jarinko Chie, a w latach 1981–1983 – serial animowany (64 odcinki) pod tym samym tytułem. W 1982 wyreżyserował film Serohiki no Gōshu (Wiolonczelista Gōshu), do którego napisał scenariusz według opowiadania Kenjiego Miyazawy. Film został wysoko oceniony przez krytykę.
Gdy Miyazaki tworzył film Nausicaä z Doliny Wiatru, zwrócił się do Takahaty, by został producentem, co ten uczynił mimo braku doświadczenia w tej roli. Po sukcesie Nausiki Miyazaki założył Studio Ghibli, z Takahatą jako współzałożycielem. Obaj twórcy współpracują w reżyserii, pisaniu scenariuszy i produkcji. Takahata był producentem Laputy (1986) i dyrektorem muzycznym Podniebnej poczty Kiki (1989); on też przekonał Joe Hisaishiego do pisania muzyki do filmów pełnometrażowych.
Pierwszym filmem Studia w reżyserii i według scenariusza Isao Takahaty był wojenny dramat Grobowiec świetlików z 1988, określony mianem jednego z najlepszych filmów tego gatunku. Jego kolejnymi filmami były obyczajowy Powrót do marzeń, komediowy Rodzinka Yamadów i ekologiczny Szopy w natarciu. Wcześniej, w 1987, nakręcił według własnego scenariusza nie-animowany film dokumentalny Yanagawa Horiwari Monogatari (Opowieść o kanałach Yanagawy), zrealizowany za prywatne pieniądze Miyazakiego.