Dzieła Dannhauer był płodnym pisarzem. Do jego najważniejszych dzieł należą Christosophia (1638), Mysteriosophia (1646) i Hodosophia Christiana sive Theologia positiva (1649). Pisząc Idea boni interpretis et malitiosi calumniatoris, opublikowaną w Strasburgu w 1630 r., dał początek hermeneutyce ogólnej.
Josias Staedel, drukarz w Strasburgu od 1652 do 1718 r., publikował lub wznawiał m.in.: Hodomoria spiritus Calviniani, 2 tomy., Strasburg 1654. Catechismusmilch oder der Erklärung deß christlichen Catechismi … Theil, 10 tomów., Strasburg 1642–1678. Idea boni disputatoris et malitiosi sophistae 1656. Idea clavis ligantis 1659. Gallionismus 1664. Deuteronomium Dannhawerianum 1669.
Ale to tylko część jego teologicznych i polemicznych dzieł. Oto najważniejsze: Apocalypsis mysterii apostolici in Epist. ad Rom. XI. v. 25 propositi, exhibita a Johann. Conrado Dannhawero,..., 1654. Catechismusmilch oder der Erklärung deßdes christlichen Catechismi… Theil, 10 tomów, Strasburg 1642–1678. Christeis, sive Drama sacrum, in quo Ecclesiae militia a Jesu Christo ad thronum coelestem exaltato, novissimum usque ad praesens seculum deducitur, aenigmatice primum, post a perto commentario.