Choć Jaden pokonuje Camulę i ratuje przyjaciół, to jednak w wyniku porażki Crowlera i Zane’a dwa klucze znikają i powoli otwierają bramę pieczęci. Podczas przerwy w walkach, Chazz jest zmuszony walczyć ze swoim bratem Slade'em, który zamierza wykupić Akademię Pojedynków. Na szczęście przy pomocy Jadena i nowych kart Ojama, Chazz pokonuje Slade’a. W kolejnych walkach o klucze Bastion Misawa przegrywa z Tanią, podczas gdy Chazz wygrywa z czwartym Jeźdźcem, Don Zaloogiem i jego kompanią Dark Scorpion. Odcinki 40–52 Jaden walczy i pokonuje kolejnego Jeźdźca, Anubisa Trzeciego; zaś Alexis zostaje wciągnięta do Gry Cieni przez Titana, by odzyskać wspomnienia Atticusa. Po porażce Titana bohaterowie dowiadują się, że osobą która skierowała Atticusa do Opuszczonego Domu był Profesor Lyman Banner. Wówczas tajemniczy ostatni Jeździec Cieni, Amnael, uderza i pokonuje zarówno Chazza i Alexis i więzi ich wraz z Atticusem w swojej księdze. W końcu Jaden walczy z nim i odkrywa, że Amnael to tak naprawdę Lyman Banner, który w przeszłości po odkryciu tablic z Świętymi Bestiami zachorował (w dubbingu tablice rzuciły na niego klątwę) i że potrzebuje kart Bestii, by zapewnić sobie wieczne życie. Jaden pokonuje Bannera, a ten po daniu swojej księgi znika, a jego duch zostaje pożarty przez swojego kota, Pharaoha.