Choć Jaden pokonuje jego potwory, to przegrywa przez nową serię kart Astera, Destiny Herosów i co gorsza, nie widzi już swoich kart, choć jest nieświadomy tego, że przyczynił się do tego Sartorius. Tymczasem Sartorius wykonuje swój ruch i pokonuje Chazza, zmieniając go w sługę Społeczeństwa Światła. Jaden postanawia opuścić Akademię i wtedy tajemnicza energia przenosi go do innego świata, zwanego Światem Neo. Tam odzyskuje zdolność widzenia kart i modyfikuje swoją talię Elementarnych Herosów poprzez dodanie kart Neo-Spacian i nowego Herosa, Elementarnego Herosa Neos. Tymczasem Zane po przegranej z Asterem zostaje wciągnięty do podziemnej gry, gdzie odkrywa swoją słabość: zbytnio doceniał przeciwnika. W końcu Zane powraca na gry, lecz pokonuje przeciwników bez litości. Odcinki 66–79 Jaden powraca do Akademii Pojedynków i wyzywa Astera na rewanż. Podczas walki dowiaduje się więcej o kartach Neo i poprzez użycie karty fuzji Flare Neos pokonuje Astera, który zdaje sobie sprawę, iż został oszukany przez Sartoriusa. Zaś Chazz pod kontrolą Sartoriusa pokonuje w pojedynku graczy Niebieskiego Obeliska, tym samym poszerzając grono Społeczeństwa Światła. Alexis próbuje pokonać Chazza, lecz przegrywa i sama staje się jedną z nich.