Seria 3: Świat Duel Monsters Odcinki 105–116 Wraz z nowym rokiem do Akademii Pojedynków przybywają profesor Thelonius Viper oraz czterej studenci z wymiany: Adrian Gecko, Alex Brodie, Jim „Crocodile” Cook i Jesse Anderson, który potrafi widzieć duchy potworów jak Jaden. Jaden Yuki i Jesse Anderson toczą walkę, używając kart Neo-Spacianów i kart Kryształowych Bestii, lecz w końcu to Jaden wygrywa. Profesor Viper wprowadza nowy system walk zwany „Survival Duel”, w którym stawką jest nie tylko wygrana, ale i życiowa energia. Po przegranej z Jadenem, Axel postanawia odkryć, co Viper kombinuje. Tymczasem coraz więcej graczy traci przytomność w wyniku przegranych walk i lądują w szpitalu, łącznie przyjaciółka Jadena, Blair. Jaden i przyjaciel postanawiają znaleźć Vipera i położyć kres temu terroru. Odcinki 117–136 Jaden znajduje w końcu Profesora Vipera i toczy z nim pojedynek. W końcu Jaden pokonuje Vipera, lecz niespodziewanie Akademia Pojedynków znika i pojawia się w wymiarze Duel Monsters, gdzie potwory są prawdziwe. Jaden i drużyna torują sobie drogę do uzyskania lekarstwa dla Blair, lecz z przerażeniem odkrywają, że Bio-Opaski, które wysysały energię z graczy doprowadzały też do zmiany ofiar w zombie podobnych do ghuli.