Sezon 2002/2003 FIS Marathon Cup rozpoczął się 12 stycznia 2003 roku czeskim maratonem Jizerská padesátka, a zakończył 20 marca 2003 roku szwajcarskim Engadin Skimarathon.
Obrońcami tytułu byli: reprezentująca Szwecję Antonina Ordina wśród kobiet oraz Włoch Maurizio Pozzi wśród mężczyzn. W tym sezonie wśród kobiet triumfowała Włoszka Lara Peyrot, a wśród mężczyzn najlepszy był Norweg Jørgen Aukland.
Kalendarz i wyniki Kobiety Lp.DataZawodyDystans1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.12 stycznia 2003 Bedřichov – Jizerská padesátka50 km s. klasycznym Lara Peyrot Swietłana Frizen Monica Lăzăruț2.26 stycznia 2003 Predazzo – Marcialonga70 km s. klasycznym Lara Peyrot Jewgienija Biczugowa Swietłana Frizen3.2 lutego 2003 Oberammergau – König-Ludwig-Lauf55 km s. klasycznym Lara Peyrot Monica Lăzăruț Swietłana Frizen4.9 lutego 2003 Otepää – Tartu Maraton63 km s. klasycznym Swietłana Frizen Monica Lăzăruț Tatjana Mannima5.16 lutego 2003 Gatineau – Gatineau Loppet50 km s. dowolnym Lara Peyrot Monica Lăzăruț Swietłana Frizen6.22 lutego 2003 Hayward – American Birkebeiner52 km s. dowolnym Lara Peyrot Kateřina Hanušová Brooke Baughman7.2 marca 2003 Sälen – Vasaloppet90 km s. klasycznym Ulrika Persson Sofia Lind Swietłana Frizen8.9 marca 2003 Samedan – Engadin Skimarathon42 km s.