Efekty dotyczą nie tylko pszczół-robotnic, lecz także larw i królowej. Pszczoły miodne i inne owady zapylające są wyjątkowo wrażliwe na klotianidynę, co skutkowało już kilkoma przypadkami ostrych zatruć we Francji, Niemczech i Kanadzie, a które wiązały się z sadzeniem nasion kukurydzy zaprawianej klotianidyną. Aby zredukować ryzyko silnej ekspozycji owadów zapylających na opryski klotianidyną, instrukcje na etykiecie zabraniają użycia tych produktów w okresie kwitnienia i w czasie gdy aktywne są owady zapylające rośliiny. W lipcu 2008 r., podczas niemieckiego „incydentu wymierania pszczół” niemieccy pszczelarze zgłosili, iż stracili od 50 do 100 procent swoich uli po tym, jak pneumatyczny sprzęt, używany do sadzenia nasion kukurydzy, wystrzelił w powietrze chmury pyłu pestycydowego, które następnie zostały zepchnięte przez wiatr na sąsiadujące pola rzepaku, na których pszczoły dokonywały zapylania. W 2009 r. Niemcy zawiesili prawo do stosowania klotianidyny na uprawach kukurydzy, powołując się na ryzyko jakie pestycyd stwarza dla pszczół i innych owadów zapylających. Neonikotynoidy, które zawierają aktywny składnik – imidakloprid – są badane jako potencjalnie związane z masowym ginięciem pszczół.